Этимология и история слов русского языка    
В. В. Виноградов. История слов. Часть
Искони. Слово искони и производное от него прилагательное исконный — старославянского происхождения. Занесенные к нам вместе с древнейшей волной южнославянизмов, они принадлежали к лексике культового характера. Они употреблялись обычно применительно к божеству, характеризуя его изначальность. Само наречие искони восходит, очевидно, к предлогу из и форме родительного падежа имени существительного конь (корневой элемент *кон, ср. коньць и на-ч#-ло). По-видимому, уже в XVIII в. эти слова не были особенно активными в лексике высокого штиля. Во всяком случае, очень показателен тот факт, что в [...] словаре 1847 г. (т. 2, с. 281) оба эти слова квалифицируются как церковные и иллюстрируются цитатами из библейских текстов: «Искони, нар. церк. `Сначала, исперва'. Сотворивый искони, мужеский пол и женский сотворил я есть. Матф. XIX, 4. Исконный, ая, ое, пр. церк. `Изначальный'. Писах вам отцы, яко познаете Исконного. Иоанн 1, 14».

Любопытно, что В. Г. Белинский в 1836 г. в рецензии на «Постоялый двор» А. Степанова слово исконно относил к нелитературным и непонятным словам «какого-то жаргона» (Белинский В. Г. Полн. собр. соч., 3, 1953, с. 64).

(Основные проблемы изучения образования и развития древнерусского литературного языка // Виноградов. Избр. тр.: История русск. лит. яз., с. 99—100).